1.Photoshopで新しいレイヤーにでも領域を塗りつぶす
2.塗りつぶした領域を、マジック選択ツールなり何なりで綺麗に選択する
3.http://www.forest.shimane-u.ac.jp/nagayama/chem/gentext/leafarea.html
この辺のソフトを使う

…というのが、とりあえず可能そう。
Photoshopのプラグインでもそういうのが存在しましたが、有償(10万円ｗ)だったり、リンク切れだったりでした。

あ、もし持っているのがPhotoshop CSの場合には、以下のような方法を見つけました。
1.「ヒストグラム」パレットを表示し、拡張表示・数値情報を表示のモードにする
2.ヒストグラムのグラフ部分をドラッグすると、ドラッグした部分に含まれるピクセル数が出てくる。

早速教えてくれてどうもありがとう。
後輩から質問されて、いいソフトを紹介できなかったので、皆さんにお聞きしたのですが、僕も画像解析でピクセル数を数えるようなことをしたいと思っていたので、ありがたかったです。

葉面積を推定するソフト、ぜひ活用したいと思います。

あと、さっきGIMPを試してみたのですが、GIMPもヒストグラムの中にピクセル数を数えてくれる機能があったようでした。

またよろしくお願いします。